فاضلابها بر موجودات آبزی نیز اثر می گذارند به طوری که نوع و تعداد آنها بعد از محل ورود فاضلاب به رودخانه تغییر می کند . افزایش کدورت، رسوب و غلظت کم اکسیژن محلول باعث کاهش زندگی ماهیها می شود . فقط چند نوع ماهی مخصوص می توانند در این شرایط به حیات خود ادامه دهند و چون مواد غذایی فراوان می باشد، بنابراین تعداد آنها بسیار افزایش می یابد . ماهیهای کپور و گربه ماهی می توانند در آبهای کاملاً آلوده زنده بمانند و حتی در صورت لزوم می توانند از اکسیژن سطح آب نیز استفاده نمایند . از طرف دیگر ، ماهی غزل آلا به آب بسیار خالص ، پاک و خنک نیاز دارد و به آلودگی هوا بسیار حساس است .